NGS sekvenování

Předmět plnění:
- poskytnutí komplexních služeb sekvenování nové generace (NGS)
- rozděleno na 5 částí:
- 1. část - Celoexomového DNA sekvenování (WES) - 108 vzorků:
- vstupní materiál: izolovaná genomová DNA
- rozsah služby: příprava knihoven, sekvenování, bioinformatická analýza a dodání výsledných souborů (FASTQ, BAM, VCF, anotované MAF)
- hloubka sekvenování: 100x coverage on target
- 2. část - Sekvenování z hotových knihoven (tzn. sekvenační běh) - celkem 18 sekvenačních běhů (9 pro Illumina NovaSeq 10B, 9 pro Illumina NovaSeq 25B):
- vstupní materiál: připravené DNA/RNA knihovny
- rozsah služby: sekvenování, dodání demultiplexovaného fastq souboru, kontrola kvality knihovny
- 3. část - RNA sekvenování - 12 vzorků:
- vstupní materiál: izolovaná celková RNA
- rozsah služby: kontrola kvality vstupní RNA, příprava knihoven, sekvenování, dodání demultiplexovaných FASTQ a QC report
- hloubka sekvenování: min. 30 milionů paired-end readů na vzorek
- způsob dodání dat: Elektronicky (FTP/HTTPS)
- 4. část - Meta transcriptome sekvenování - 15 vzorků:
- vstupní materiál: izolovaná celková RNA
- rozsah služby: kontrola kvality vstupní RNA, příprava knihoven, sekvenování, dodání demultiplexovaných FASTQ a QC report
- objem dat: min. 12 Gb surových dat na vzorek
- způsob dodání dat: Elektronicky (FTP/HTTPS)
- 5. část - 3'-end RNA-sekvenování - 80 vzorků:
- vstupní materiál: izolovaná celková RNA
- rozsah služby: kontrola kvality vstupní RNA, příprava knihoven, sekvenování, dodání demultiplexovaných FASTQ a QC report
- hloubka sekvenování: přibližně 10 milionů readů na vzorek
- způsob dodání dat: Elektronicky (FTP/HTTPS)

Hodnotící kritéria:
- nejnižší nabídková cena

Lokalita:
- okres Ostrava-město

Termín:
- ihned po podpisu smlouvy do 31. prosince 2026

Přílohy: